Nakon što je njezina majka odustala od nade blagoslovljenoga rođenja djeteta unatoč upornim molbama svojim bogovima, obratila se za pomoć Blaženoj Djevici.
Kada je svetica u svojoj mladosti saznala o okolnostima pod kojima ju je začela njezina majka, postala je kršćanka. Vođena anđelom, došla je do sv. Leonina, učenika sv. Ante kako bi se krstila. Pojavio se zatim jedan anđeo s njezinom kršteničkom haljom i rekao joj da pođe po svoj Aleksandriji i propovijeda, što je ona i učinila.
Tijekom progona ranih kršćana za vrijeme cara Filipa sv. Apolonija bila je uhićena usred krvožedne svjetine željne ubijanja što većeg broja kršćana.
Apolonija je u vrijeme njezinoga mučeništva i smrti već bila vremešna žena, đakonica, međutim vrlo hrabra. Mjesni biskup aleksandrijski sv. Dioniz (247. - 265.), koji je i svjedočio o njezinoj smrti, opisao ju je u pismu upućenom Fabiju, a koje je sačuvao Euzeb, Antiohijski biskup:
"Oni su uhitili tu čudesnu vremešnu djevicu Apoloniju, polomili joj sve zube udarcima po njezinim čeljustima, i postavili su lomaču izvan gradskih zidina, zaprijetivši joj da će je živu spaliti ako odbije ponoviti njihove bezbožne izreke. Međutim ona ih je zapitala za kratku odgodu ..."
Svjetina je mislila da ona pokušava odlučiti hoće li se ili ne odreći svoje vjere, međutim ona je otezala toliko, da su morali znati da to što je učinila bilo je s njezinim vlastitim izborom.
Ona je jasno odlučila da nitko od njih neće imati to zadovoljstvo da baci njezino ostarjelo tijelo u vatru. Puna iščekivanja, svjetina ju je oslobodila i potezala prema natrag.
U tome trenutku Apolonija je svojom voljom skočila u lomaču bivajući nadahnuta većim plamenom Svetoga Duha, da bude počašćena kao ikada dotada kao neustrašiva kršćanska mučenica. Sveti Augustin (u knjizi prvoj Božjega grada) naslućivao je da je ona postupila u skladu s posebnim nadahnućem Svetoga Duha; u protivnome, to bi bilo nezakonito oduzimanje vlastitoga života prema Crkvenome zakonu.
Iako su oltari i crkve bile posvećivane njoj u čast na Zapadu, na Istoku nije bilo njezinoga kulta. Vjerojatno je to bilo i zbog toga što je vrlo brzo bila pobrkana s jednom drugom Svetom Apolonijom koju je pretvorio u mučenicu Julije otpadnik.
Kasnije su je umjetnici i pisci pretvorili u lijepu mladu djevojku, kćerku kralja, koju je ponekad mučio njezin vlastiti otac, vadeći običnim kliještima njezine zube. Ponekad priča završava pokajanjem njezinoga oca koji se zavjetuje pomoći onima koji pate od zubobolje.
Valjan je razlog što se sv. Apolonija crta kako drži zub (katkad zlatni) s kliještima. Nerijetko u ruci ima i palminu grančicu kao znak mučeništva Ona može biti prikazana nakon što su joj iščupani zubi ili jednostavno s knjigom i kliještima. Njoj se usrdno moli protiv zubobolje. Ako nema u ruci kliješta, ona onda obično nosi ogrlicu sačinjenu od njezinih vlastitih zubi. Ona je također i zaštitnica stomatologa.
