Obolio je teško od mnogih bolesti, iscrpljen pokorom, opečaćen Kristovim ranama Franjo smjerno očekuje smrt jer nam je "brat liječnik" jasno navijestio: "...umrijet ćeš krajem rujna ili četvrtog listopada". Nalazi snagu i raširenih ruku kliče: "Dobro mi došla, sestro moja smrti!" Traži od braće da ga prenesu u Porcijunkulu. Ondje zamoli da mu iz Ivanova Evanđelja (Iv 13, 1-15) pročitaju Isusov oproštajni govor i izvješće o pranju nogu. Potom braći razdijeli komadiće kruha. Zatraži da ga polože na zemlju gologa, raširi ruke kao na križ. Braća mu pjevaju "Pjesmu stvorova" te s njima otpjeva psalam 142. I Franjo preminu navečer 3. listopada 1226, u dobi od 44 godine.
Ostade među njegovom braćom sjećanje njegovog prijelaza k Ocu na nebu, te ga iznova i na njegov način obredom obnavljaju.
